Parece que foi um problema de permissão, tenho arquivos em minha pasta pessoal que pertenciam à conta raiz.
Eu tinha acabado de instalar o sistema operacional e não tinha configurado minha política de gui pkexec para o nautilus ou o gedit e eu estava um pouco preguiçoso e iniciei o nautilus a partir do terminal usando o sudo. Lembro-me de achar estranho que o sudo nautilus estivesse carregando minhas configurações de usuário não raiz, ele deve ter substituído o cache de miniaturas por um de raiz. Esta deve ser uma mudança recente, não costumava fazer isso no passado. Quando você iniciou uma sessão nautilus (mesmo com sudo via terminal), costumava usar o diretório raiz para configurações.
Ah, bem, eu acho que vou evitar sudo para GUI de agora em diante. É estranho que as miniaturas conseguissem exibir ok no Wayland.