Há um relatório de bug de quatro anos sobre isso e a correção está em andamento e está em triagem:
Windows altera o Monitor / Desktop após o bloqueio de tela
A curto prazo, em vez de travar a tela na inatividade (que basicamente o desliga com o gnome-screensaver, acho), você poderia considerar um protetor de tela com senha que entra em ação após um período de inatividade. Eu não testei isso eu mente você.