Corrigi o problema do ícone seguindo os passos abaixo.
Passo 1. Abra o Terminal e execute o comando
vim ~/.local/share/applications/eclipse.desktop
Passo 2. Copie e cole o conteúdo abaixo no arquivo e salve
Name=Eclipse JEE Oxygen
Type=Application
Exec=/home/tungbui/eclipse/java-oxygen/eclipse/eclipse
Terminal=false
Icon=/home/tungbui/eclipse/java-oxygen/eclipse/icon.xpm
Comment=Integrated Development Environment
NoDisplay=false
Categories=Development;IDE;
Name[en]=Eclipse
Lembre-se de substituir a localização do Exec e Icon. Espero que ajude.
Referência: link