Eu só tenho o mesmo problema com Deluge e Chrome e consegui encontrar a solução adequada aqui :
Primeiros padrões de verificação:
$ xdg-mime query default x-scheme-handler/magnet
eiskaltdcpp-gtk.desktop
$ gvfs-mime --query x-scheme-handler/magnet
Default application for 'x-scheme-handler/magnet': eiskaltdcpp-gtk.desktop
Registered applications:
eiskaltdcpp-gtk.desktop
transmission-gtk.desktop
qbittorrent.desktop
deluge.desktop
Recommended applications:
eiskaltdcpp-gtk.desktop
transmission-gtk.desktop
qbittorrent.desktop
deluge.desktop
$
Em seguida, defina os novos padrões:
$ gvfs-mime --set x-scheme-handler/magnet deluge.desktop
Set deluge.desktop as the default for x-scheme-handler/magnet
$ xdg-mime default deluge.desktop x-scheme-handler/magnet
Há também uma explicação sobre um problema em Deluge Packaging
aqui .