Sim, você deve de fato criar um novo branch derivado da ramificação vim Bazaar no Launchpad (lp: ubuntu / vim), e enviar seu patch para esse branch.
Contanto que não haja conflitos durante a mesclagem, a receita mesclará as duas ramificações quando uma delas for alterada e reconstruída. Isso significa que, se houver uma nova revisão na ramificação do Ubuntu, ela será recompilada com prazer.
A receita seria algo assim:
# bzr-builder format 0.3 deb-version {debupstream}+myfix{revno:myfix}
lp:ubuntu/oneiric/vim
merge myfix lp:~YOURNAME/ubuntu/oneiric/vim/myfix
O guia para isso é aqui