Como você mencionou o RJ11, isso provavelmente significa que você tem um modem padrão em seu computador. Isso geralmente significa que você precisa de um softphone, às vezes chamado de aplicativo de telefonia que usa o modem para aceitar e iniciar chamadas usando PSTN.
Se você puder encontrar qualquer aplicativo desse tipo para o Ubuntu que possa instalar e rodar corretamente, o que você perguntar pode funcionar, eu não sei de nenhum aplicativo desse tipo que eu possa lhe indicar e se você tiver sorte de encontrar algo provavelmente ser muito velho.
O que está acontecendo hoje em dia é que os softphones baseados em VOIP como o Skype e o Ekiga têm o foco, esses telefones usam métodos baseados em pacotes para comunicar o significado de usar sua conexão de Internet para enviar e receber pacotes em oposição a uma rede comutada. / p>Quando você diz que tudo funciona bem eu suponho que você quer dizer o modem também, em suma Se você não tem um aplicativo de telefonia que usa PSTN em execução ou o modem não funciona com o Ubuntu, então não.