Se você precisar recodificar determinado arquivo de vídeo, não será necessário o codificador anterior usado para codificar o arquivo que você tem agora.
Você pode usar o FFmpeg ou um conversor semelhante ou usar serviços on-line que fornecerão conversões quando você fizer o upload do arquivo para o serviço deles.
Em relação à mensagem de erro, mostra que o arquivo está corrompido no período de tempo pos. 2241497 . Não é um problema com o FFmpeg.
Você pode pesquisar a opção FFmpeg que permitirá que você ignore determinados quadros durante a conversão ou se houver alguns outros programas conversores que tenham a capacidade de ignorar quadros com erros.
Para verificar isso, tente codificar um arquivo diferente.
P.S
Se você só precisa mudar o container de mkv para mp4 , você deve tentar mp4 Muxer / Re -Muxer programa. não há necessidade de recodificar. O programa re-Muxer irá extrair dados de vídeo e dados de áudio do seu arquivo mkv, e então colocá-los dentro do container mp4. Leva apenas alguns segundos (dependendo dos recursos do seu sistema)