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Minute Hour Day of Month Month of Year Day of Week
05 0 1-7 3,6,9,12 0
Sim, porque você disse que fosse executado no quinto minuto da meia-noite, se os primeiros sete dias dos meses de março, junho, setembro ou dezembro fossem um domingo.
A parte com $(date +\%w) -eq 0 && ...
converte a saída de date
no valor numérico do dia da semana e verifica se é 0
, ou um domingo, antes de executar o trabalho de remoção.