O tutorial que você está usando é baseado em uma versão mais antiga do Ubuntu.
13.10 traz uma configuração mais recente do apache, onde o arquivo que você está procurando é chamado /etc/apache2/sites-available/000-default.conf
.
Observe o .conf
no final, que agora é necessário para o apache pegar os arquivos. Portanto, verifique se a configuração que você está criando para seu site também tem .conf
como sua extensão.