Para remover com segurança o kernel indesejado, abra uma sessão de terminal e execute o comando:
Encontre o nome do pacote do kernel
dpkg -l | grep 3.5.0-40
Em amd64 / x86_64 é linux-image-3.5.0-40-generic.
Remover (limpar - remover todos os arquivos de configuração também)
sudo apt-get purge linux-image-3.5.0-40-generic