Meu melhor palpite aqui é que a posição da tela certa está causando os problemas. Você poderia tentar modificar a seção ServerLayout assim:
Section "ServerLayout"
Identifier "Layout0"
Screen 0 "Screen0" 0 0
Screen 1 "DisplayLinkScreen" RightOf "Screen0"
InputDevice "Keyboard0" "CoreKeyboard"
InputDevice "Mouse0" "CorePointer"
Option "Xinerama" "0"
EndSection
Ou se você realmente deseja que a DisplayLinkScreen seja a tela principal, modifique-a para que as coordenadas correspondam à resolução da Screen0. Por exemplo, Screen0 tem resolução de 1900x1200:
Section "ServerLayout"
Identifier "Layout0"
Screen 0 "DisplayLinkScreen" 1900 0
Screen 1 "Screen0" LeftOf "DisplayLinkScreen"
InputDevice "Keyboard0" "CoreKeyboard"
InputDevice "Mouse0" "CorePointer"
Option "Xinerama" "0"
EndSection
Outro local possível para os problemas pode estar na configuração RandR, que é carregada durante a inicialização do gnome. Você pode redefinir completamente a configuração RandR excluindo ~/.config/monitors.xml
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