Primeiro instale "compton"
apt-get install compton
Em seguida, execute o seguinte comando para teste:
compton --opacity-rule 45:'class_g *= "X-terminal-emulator"'
É uma opacidade de 45%, mude para o que você gosta.
Acima eu digitei "X-terminal-emulator", mas para pegar a string que você precisa digitar, faça o seguinte:
1.) digite xprop
enter
2.) agora deve haver uma cruz - > Clique em seu terminal
3.) procure por "WM_CLASS (STRING)"
4. use isso em 'class_g * = ...'
Você pode copiar uma configuração básica de /usr/share/doc/compton/compton.sample.conf
ou aqui no arquivo ~/.config/compton.conf
(você deve criar isto se não estiver presente)
Para tornar isso permanente, você pode colocar esse comando em suas configurações de perfil.