Eu não testei o seu problema. Mas eu fiz o downgrade do Meld para 1.5.3 com as seguintes ações:
sudo wget http://security.ubuntu.com/ubuntu/pool/universe/m/meld/meld_1.5.3-1ubuntu1_all.deb -O /var/cache/apt/archives/meld_1.5.3-1ubuntu1_all.deb
sudo dpkg -i /var/cache/apt/archives/meld_1.5.3-1ubuntu1_all.deb
cat <<EOF | sudo tee /etc/apt/preferences.d/pin-meld
Package: meld
Pin: version 1.5.3-1ubuntu1
Pin-Priority: 1337
EOF
Funciona melhor para mim. Tem por exemplo muito útil o atalho <Ctrl+Shift+R>
e fecha com <Ctrl+Q>
.