Apenas resolvi esse problema após meses de aborrecimento, removendo a linha run_im xim
de ~/.xinputrc
graças às pessoas comentando sobre o rastreador de problemas do Ubuntu em link
Eu tenho outra linha lá para desativar a tela sensível ao toque, mas essa está bem.
Agora, por que a configuração do manipulador do método de entrada afeta o redesenho do plano de fundo, não posso nem imaginar.