Eu também uso o Ubuntu 17.04, 64 bits, com um laptop HP Compac e precisava trocar as teclas CONTRL e CAPS-LOCK, como recomendado para uso com o Emacs. Desde que eu vi muitos posts sobre o xmodmap não funcionando, eu contribuirei com meus 2 centavos, mesmo que o remapeamento que eu fiz não seja exatamente o que você pretende. Seguindo o advise na página man do xmodmap, invoquei este script do terminal (chamei-o de 'remapkeys' e coloquei no diretório home):
remova o bloqueio = Caps_Lock
remove o controle = Control_L
keysym Control_L = Caps_Lock
keysym Caps_Lock = Control_L
adicionar bloqueio = Caps_Lock
add Control = Control_L
(sem espaços entre)
% bl0ck_qu0te%Tudo funcionou como pretendido, mesmo que o Emacs já esteja em execução quando eu fizer isso. Tecla CONTROL e teclas CAPS-LOCK são trocadas. O mesmo procedimento deve inverter as alterações, mas você pode sempre reiniciar e o mapa de chaves voltará ao normal.
Então, no meu caso, o xmodmap funcionou direito, mas os parâmetros (em sua ordem correta) são complicados, e a página man é bastante obscura para um iniciante.