Eu não acho que o Nautilus ou qualquer um dos principais navegadores de arquivos tenha esse recurso.
O único gerenciador de arquivos que eu já vi esse recurso é o ranger .
De acordo com o site do ranger:
ranger é um gerenciador de arquivos com ligações de chave VI. Ele fornece uma interface de curses minimalista e agradável com uma visão da hierarquia de diretórios.
No ranger, você pode usar a tecla uq
para desfazer as guias fechadas.