Eu não sei se há alguma diferença entre as versões, mas eu posso simplesmente acessar os arquivos do meu iPhone 5s através do gerenciador de arquivos quando ele estiver conectado via USB (usando o protocolo AFC).
Estou usando o iOS 9.2 beta, não sei se ele funciona no 9.1 ou anterior. Eu posso acessar o dispositivo da barra lateral do Nautilus, se ele não aparecer, tente navegar para o seguinte endereço:
afc://<your iPhone's UDID>/
Além disso, a maioria dos players de música (pelo menos o Rythmbox, o Banshee e o Clementine) suportam a sincronização de músicas pelo AFC (Apple File Conduit).
EDIT: Acabei de aprender que posso facilmente sincronizar minhas fotos usando ferramentas como o gThumb.