Eu acredito que isso é o que você quer:
SetEnvIf Request_URI ^/app/subapp1(/|$) subapp1
SetEnvIf Request_URI ^/app/subapp2(/|$) subapp2
CustomLog /absolute/path/to/app/subapp1/log/access_log common env=subapp1
CustomLog /absolute/path/to/app/subapp2/log/access_log common env=subapp2
Fonte: