Eu descobri recentemente como fazer isso. Não tenho certeza se essa opção estava lá antes ou se veio com uma atualização. De qualquer forma, para a versão 3.18.5.2, é tão simples quanto:
- Abra Preferências do Evolution ( Editar → Preferências ou Shift + Ctrl + S ).
- Selecione Calendário e Tarefas à esquerda.
- Selecione a guia Convites da reunião .
- Marque a caixa de seleção Excluir mensagem depois de atuar .