Eu não sei qual software de máquina virtual você está usando, mas no VirtualBox do Oracles você tem que habilitar uma opção de compartilhamento da pasta de clipboard. Você pode ver como fazer aqui .
Outra opção é usar o winscp . Se você está familiarizado com o comando scp no linux é exatamente isso com uma interface GUI. Desta forma, você pode transferir arquivos via ssh. Abra o winscp e conecte-se exatamente como você estava ssh'ing. Você pode modificar seus arquivos localmente e depois transferi-los para sua máquina virtual.
Espero que isso ajude.