Reinstale. Selecione "fazer outra coisa". Defina suas partições como você deseja. Não crie uma partição / boot, pois ela não será usada. Use o menu suspenso (Ubuntu 16.04.3) para selecionar seu dispositivo Windows como o local para a instalação de inicialização. Se você tiver uma instalação existente do Windows, esse problema sempre ocorrerá. Você deve colocar a inicialização na partição da instalação do Windows. É a única solução que funciona sempre.
Isto é relevante para as versões 14, 15, 16, 17 (todas as versões) e provavelmente anteriores.