O sistema de arquivos atual, NTFS, é bom porque pode ser acessado para leitura e gravação tanto do Ubuntu quanto do Windows. Isso significa que você pode usá-lo em ambos os sistemas operacionais para backups.
Acho que você pode começar a usá-lo diretamente sem adulterar partições e sistemas de arquivos.
Editar:
Uma das primeiras coisas seria verificar a unidade no Windows (verifique se o sistema de arquivos NTFS está funcionando corretamente no Windows.)
Em seguida, tente ler e gravar alguns arquivos pequenos nos dois sistemas operacionais. Volte com perguntas nos comentários (ou, se precisar de mais detalhes, edite sua pergunta original).