Estou no dia 15.10, mas pelo menos essa parece ser uma abordagem que você ainda não tentou.
GSettings é uma implementação GLib do DConf, que armazena seus dados em um banco de dados binário.
... diz @dobey em esta resposta
Tente isto:
gsettings set org.gnome.desktop.interface cursor-size 48
Deve persistir após a reinicialização. Pelo menos funcionou para mim com outras configurações.