Seu plano parece sadio. A mídia ao vivo não monta automaticamente nem unidades internas, na minha experiência, então você não precisa alterar as configurações para isso. Você pode atualizar o ClamAV após a instalação para garantir que esteja atualizado em termos de definições.
A menos que você possa concluir o trabalho inteiro em uma sessão, no entanto, você pode encontrar problemas ao instalar o ClamAV na mídia Live - a instalação não permanecerá por meio de uma reinicialização. Você pode pesquisar "persistência" e "instalações frugais" para aprender sobre um método que permite instalar software em uma instalação USB de uma maneira que permaneça presente e configurada de uma sessão para outra.
Eu também recomendaria a transferência apenas de documentos reais (fotos, músicas, arquivos de processadores de texto, etc.), e não qualquer coisa que possa ser executável (que é onde qualquer malware residiria). Se você pegar apenas documentos de pastas não ocultas em / home, evite passar arquivos infectados para a nova instalação.