Eu tenho Show desktop icons habilitado, mas o nautilus ainda não pode mostrar os ícones da área de trabalho para os aplicativos relevantes. Isso acontece com o shell Budgie e Gnome. O Nemo é capaz de mostrar os ícones da aplicação.
Acho que isso quebrou (pelo menos para mim) com o Nautilus 3.24.x. Minha versão do Gnome é 3.24, Ubuntu Gnome 17.04 com ppas, nautilus é 3.24.1. Aqui está um exemplo de arquivo emacs.desktop :
[Desktop Entry]
Name=GNU Emacs
GenericName=Text Editor
Comment=Edit text
MimeType=text/english;text/plain;text/x-makefile;text/x-c++hdr;text/x-c++src;text/x-chdr;text/x-csrc;text/x-java;text/x-moc;text/x-pascal;text/x-tcl;text/x-tex;application/x-shellscript;text/x-c;text/x-c++;
Exec=emacs %F
Icon=emacs
Type=Application
Terminal=false
Categories=Development;TextEditor;
StartupWMClass=Emacs
Keywords=Text;Editor;
Aqui está uma captura de tela:
Observe que o Telegram funciona, pois é um arquivo binário.
Bem, aconteceu de eu me deparar com a resposta pela mudança. Clique com o botão direito do mouse em um arquivo de ícone .desktop e nautilus mostrará a seguinte caixa de diálogo de confirmação.
Clicar em Trust and Launch ativa o ícone.