Eu resolvi o problema com a resposta da Reborn no seguinte link:
Intel Graphic Installer 2.0. 2 falha no ubuntu fresco 16.04
Adicione o repositório PPA para desk-utils estáveis:
sudo add-apt-repository ppa:paulo-miguel-dias/pkppa && sudo apt-get update
Instale os novos drivers da mesa.
sudo apt-get install mesa-utils
Instale a versão mais recente da ferramenta Intel
sudo dpkg -i intel-graphics-update-tool_2.0.5_amd64.deb
Agora tudo deve estar funcionando corretamente.