Eu só estava tendo esse problema também - gnome-boxes travariam com essa falha seg sempre que eu tentasse abri-lo. Aqui está o que eu fiz para consertar isso.
Depois de desinstalar as caixas-gnome ( sudo apt remove gnome-boxes && sudo apt autoremove ), executei sudo grep -rlI "gnome-boxes" ~ para obter uma lista de arquivos em meu diretório inicial que continha a frase "gnome-boxes". Ele encontrou vários arquivos e eu os excluí especificamente:
./.config/libvirt/qemu/boxes-unknown.xml
./.config/libvirt/qemu/boxes-unknown-2.xml
./.cache/libvirt/qemu/log/boxes-unknown.log
./.cache/libvirt/qemu/log/boxes-unknown-2.log
./.cache/libvirt/qemu/log/boxes-unknown-3.log
(Eu estou supondo que realmente tudo que você precisa excluir serão os arquivos xml).
Depois de reinstalar as caixas-gnome ( sudo apt install gnome-boxes ), tudo está bem e as caixas-gnome não estão mais travando com a falha seg.