Abra um terminal e digite sudo fdisk -l
(sua unidade flash USB deve aparecer na lista, se estiver inserida).
Agora, digite sudo grub-install /dev/<insert flash drive name here>
para instalá-lo no seu pen drive.
por exemplo:
sudo grub-install /dev/cookies
Cuidado com esses comandos (não estrague) ou você pode danificar seu sistema. Certifique-se de estar instalando na unidade flash e não em outra coisa.
Não tenho certeza absoluta de que isso permitirá que você inicialize seu sistema como quiser, mas, se isso não for possível, você poderá editar sua configuração do grub na unidade flash para localizar seus discos rígidos internos.