Podemos ver que /dev/pts
é um sistema de arquivos speudo:
$ mount |grep 'on /dev/pts'
devpts on /dev/pts type devpts (rw,nosuid,noexec,relatime,gid=5,mode=620,ptmxmode=000)
O que isto significa é que não há lugar no seu disco rígido onde estão esses arquivos. Eles são arquivos virtuais que representam algo no sistema operacional.
Eu duvido que alguém tenha pensado em implementar a criação de novos arquivos como o sistema operacional.
Eu apostaria que simplesmente reiniciar a máquina irá redefinir o sistema operacional de volta ao estado normal, e esses "arquivos" aparecerão novamente.