Scripts que você queria começar em um ISO personalizado, coloque a seguinte pasta:
remaster-root/etc/skel/.config/autostart/
como quando o ISO é inicializado, a pasta /etc/skel/
se torna o usuário padrão. Lá você também pode colocar ícones e atalhos na área de trabalho ou outros scripts que quiser.
Espero que isso ajude!