Esta é uma ideia obscura em geral. Você poderá criar seus próprios arquivos .cu cuda, compilá-los e executá-los. Mas se você tentar se ligar ao libcudart para fazer chamadas básicas de api CUDA, ele falhará. (Em outras palavras, os arquivos cpp que incluem bibliotecas cuda não funcionam). Você tem dois conjuntos de drivers diferentes em jogo, versões diferentes. Um é o libcudart e outras bibliotecas do apt-get. Outra versão é do arquivo de execução.
No geral, ele deve ser apt-get para todos os arquivos CUDA, ou construir toda a cuda manualmente. Não misture os dois.
Mas as instruções sobre a execução do arquivo .run foram muito úteis. Obrigado.