Esqueci de adicionar esta linha:
xmodmap -e "remove shift = Up"
Então deve ficar assim:
xmodmap -e "keycode 62 = Up" # => Up
xmodmap -e "keycode 111 = Shift_R" # => Shift
xmodmap -e "add shift = Shift_R" # Make the new Shift key actually shift
xmodmap -e "remove shift = Up" # Prevent the old Shift key from shifting
xset r 62 # repeat Up key
xset -r 111 # don't repeat new Shift key
Eu tenho essa solução de isso askubuntu responda. Salvei essas linhas como arquivo .sh e as adicionei à minha inicialização usando o gerenciador de inicialização do KDE, para não ter que colocar esses comandos no terminal após cada reinicialização. Há também uma alternativa mais universal para tornar essas mudanças permanentemente descritas no tópico acima.