Bastante novo para o ubuntu aqui (16.04) ~ o instalou há dois ou três dias e notou esses retângulos ontem, embora estivesse em um local e uma forma diferentes.
Eu tive o mesmo problema. E parecia ser a minha ferramenta 'Screenshot', que uso bastante. Eu simplesmente abri e fechei a ferramenta e o retângulo preto foi embora