depois de ler que todo diretório tem pelo menos 2 links (do seu pai e de si mesmo), encontrei diretórios com contagem de links == 1
root@ubuntu:~# ll /var/lib/mysql
total 28676
drwx------ 1 mysql mysql 200 Jul 31 18:01 ./
drwxr-xr-x 1 root root 340 Jul 31 09:34 ../
-rw-r--r-- 1 mysql mysql 0 Jul 31 12:57 debian-5.5.flag
-rw-rw---- 1 mysql mysql 18874368 Jul 31 13:05 ibdata1
-rw-rw---- 1 mysql mysql 5242880 Jul 31 18:01 ib_logfile0
-rw-rw---- 1 mysql mysql 5242880 Jul 31 12:57 ib_logfile1
drwx------ 1 mysql mysql 1480 Jul 31 12:58 mysql/
-rw------- 1 mysql mysql 6 Jul 31 12:58 mysql_upgrade_info
drwx------ 1 mysql mysql 400 Jul 31 12:58 performance_schema/
ambos os links do pai e do diretório existem e são funcionais. Como isso pode ser? Tem algo que estou perdendo? BTW, MySQL funcionando corretamente:)