O problema era que a versão do python que eu tinha instalado como usuário não incluía as bibliotecas gtk necessárias para este programa rodar.
Quando eu corri como root, estava usando a instalação do sistema python, que tinha todas as bibliotecas já embutidas, então naturalmente funcionou.
Esse problema foi corrigido em versões posteriores de software-properties-gtk
porque a linha shebang no topo do programa agora diz:
#!/usr/bin/python3
em vez de #!/usr/bin/env python3
.
O último faz com que ele use a própria versão do python3, enquanto o primeiro (e agora o defacto) está usando a versão instalada do sistema do python3