Eu tenho o Kmail 5.4.3 e obtenho resultados de pesquisa em minhas pastas. Eu atualizei do Kubuntu 16.04 para o 17.04 e instalei Atualização do KDE PIM 16.12.3 que inclui o Kmail. Não sei se a atualização é compatível com o Kubuntu 16.04
O pacote de backports que você instalou é para o Plasma (ambiente de área de trabalho do KDE) e não para o Kmail.