Eu não usei isso, mas o seguinte software SIP está disponível e deve ser compatível com ipv6.
Twinkle (clique aqui para mais informações)
Aqui está como instalar:
sudo apt-get update
sudo apt-get install twinkle twinkle-common twinkle-console
O comando a seguir exibe uma lista de todos os disponíveis (o Twinkle é o único que menciona especificamente uma GUI):
apt-cache search voip