Consegui resolver esse problema. Não tenho 100% de certeza sobre qual foi a solução final, mas foi o seguinte:
- PPA desatualizados / inatingíveis
Recebi uma notificação de erro sobre o vinho, no qual faltavam algumas dependências (fyi: link & < a href="http://files.eid.belgium.be/debian"> link )
-
Limpar o cache do aptitude:
sudo apt-get clean
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
Depois disso, o gerenciador de atualização está funcionando novamente.
Editar 24/09/17:
A resposta anterior estava incorreta. Eu fiz o 'upgrade parcial' que atualizou todos os pacotes que foram interrompidos na atualização anterior.
Então, para resumir: você pode fazer o 'upgrade parcial' sem danos. O aviso no wiki do Ubuntu não é aplicável a esta situação.