O primeiro problema (configurações não armazenadas) é um problema de permissão.
Quando você instalou o Simplify3d, você precisou executá-lo como root e, após a conclusão da instalação, você provavelmente clicou em iniciar o Simplify3d quando ele foi oferecido a você. Esse IMO fez com que o programa fosse executado como root, o que significa que ele armazenava as configurações iniciais como root e você não pode alterá-las, a menos que você continue executando o software como root.
Com relação ao inicializador:
Você pode usar menu-libre
para criar um lançador personalizado em seu menu, por exemplo.
Com relação ao problema de limite de conta atingido:
Isso é absolutamente um problema com o Simplify3D e sua implementação do DRM, você deve contatá-los e eles poderão ajudar.