O problema que você está tendo é sua versão instalada do JDK. A versão 9 não é totalmente compatível com vários aplicativos Java. A maioria dos aplicativos otimizados para a versão 9 tem compatibilidade com versões anteriores ao sair da versão 8.
Você pode resolver esse problema de instalação instalando o Java versão 8 (que é a versão padrão do Ubuntu 16.04 LTS e 17.X.
Instale a versão padrão do Java JDK com este comando:
$ sudo apt install default-jdk
Em seguida, mude para o padrão da versão 8 com este comando: '
$ sudo update-alternatives --config java
Agora, sua instalação do Eclipse deve continuar sem problemas. Você também poderá executar o instalado sem problemas.
Ocasionalmente, se você quiser testar a compatibilidade da versão 9, você pode usar o comando update-alternatives --config java
acima para alternar entre as versões.
Nota:
Para sua informação , uma vez instalado, o Eclipse funcionará com o Java versão 9. O problema com a versão é uma falha no instalador. Portanto, pode não importar muito qual versão você habilitar depois de ter instalado o IDE do Eclipse.