Primeiro de tudo, você pode querer experimentar o Unity 2D; Basta selecioná-lo ao fazer o login. Você não terá um desktop 3D, mas manterá o HUD e outras coisas do Unity.
A segunda solução é instalar o Gerenciador de Configurações do Compiz, conhecido como ccsm, e ajustá-lo ao conteúdo do seu coração. Você ainda estará usando o Compiz, mas você pode desativar os olhos irritantes, se é isso que você quer.
Não há como manter o Unity 3D sem o Compiz, porque é um plugin do Compiz.