Eu tenho praticamente a mesma configuração, dual boot Win10 e Ubuntu 16.04.2. Postei outra resposta, pois o problema ocorreu durante a reinicialização ou o desligamento. Eu corri o abaixo e tudo parece estar funcionando agora.
sudo ubuntu-drivers autoinstall
Eu também executei o comando no site da ATI AMD para adicionar ao grupo de vídeos. Talvez funcione para você desde que fiquei estranho depois de uma atualização e da mesma versão do driver da AMD.