Em 16.04 você pode abrir o Gerenciador de configurações do CompizConfig, certificando-se de instalá-lo:
sudo apt install compizconfig-settings-manager
e depois executá-lo no painel (clique em swirly thing no canto superior esquerdo e digite compiz).
Quando isso estiver aberto, clique em Effects e desmarque a caixa Windows Fading.