Não é apenas um problema com o Skype, acredito que seja um problema, você adivinhou, o PulseAudio.
Solução alternativa? Realmente existe.
Desativar o Glitch Free Audio do PulseAudio parece ter resolvido o crackling para mim (que se tornou insuportável no Ubuntu 12.10 Beta 2)
Para isso, edite o arquivo /etc/pulse/default.pa
em seu editor de texto favorito.
Pesquise a seguinte linha:
load-module module-hal-detect
e anexe " tsched=0
" ao final:
load-module module-hal-detect tsched=0
reinicie o pulso (ou simplesmente reinicie o seu sistema), e o estalido deve desaparecer.
Não sei quais são os efeitos colaterais ao desabilitar o Glitch Free Audio, mas parece que não consigo encontrar nenhum.
ATUALIZAÇÃO:
Se você não tiver uma linha com load-module module-hal-detect
, pesquise a seguinte linha:
load-module module-udev-detect
e anexe " tsched=0
" ao final:
load-module module-udev-detect tsched=0
reinicie o pulso (ou simplesmente reinicie o seu sistema), e o estalido deve desaparecer.