Há uma explicação muito boa sobre como trabalhar com repositórios por meio da GUI da área de trabalho, no link
Este seria o método preferido para usuários mais novos do Ubuntu.
Se você preferir editar manualmente os arquivos contendo repositórios, tudo o que você gostaria de saber pode ser encontrado em link
Como ponto de partida e para responder diretamente a sua pergunta, o /etc/apt/sources.list é o arquivo que contém seus repositórios. Há também coisas em /etc/apt/sources.list.d
Normalmente, as mensagens de erro especificam repositórios específicos que não podem ser encontrados pelo apt update. Nesse caso, você editaria esse repositório de sources.list
Os repositórios para ferramenta de ajuste de unidade podem ser encontrados em link
Se você instalasse o unity-tweak da fonte ou como um pacote do Ubuntu, você o atualizaria fazendo um download de link