Para ocultá-los, acesse:
Dash Home, aplicativos de pesquisa, resultados de filtro, fontes e, em seguida, define como "Aplicativos locais".
Após o novo login, o filtro é redefinido. Para fazer algo de verdade, parece que isso funciona bem:
gsettings set com.canonical.Unity.ApplicationsLens display-available-apps false
=============================================== =======================
ATUALIZAÇÃO:
O Ubuntu 13.04 tem um novo pacote chamado " unity-tweak-tool ". Experimente.