Apenas tive esse tipo de problema também (eu estou no 16.04 por sinal): Pulseaudio fez um upmix indesejado em mim e /etc/pulse/daemon.conf foi ignorado. No entanto, parece que o arquivo de configuração no diretório base do usuário não é ignorado. Depois de adicionar "enable-remixing = no" para ~ / .pulse / daemon.conf e reiniciar o pulseaudio, obtive a saída estéreo que estava sendo reproduzida.