Vamos criar um:
~$ cd ~/.local/share/applications
~$ touch my-application.desktop
~$ chmod 700 my-application.desktop
Abra o arquivo com seu editor de texto favorito e faça com que pareça:
[Desktop Entry]
Version=1.0
Name=My Application
Exec=/path-to-executable
Icon=/path-to-icon
Terminal=false
Type=Application
Categories=Foo;Bar
E aqui está o resultado: