Aqui está um pequeno script Python que fará isso:
#!/usr/bin/env python
import sys
import hashlib
with open(sys.argv[2]) as hashfile:
hashes = set(hashfile.read().splitlines())
with open(sys.argv[1]) as emailfile:
for email in emailfile:
email = email.rstrip('\n')
md5 = hashlib.md5()
md5.update(email)
if md5.hexdigest() not in hashes:
print email
Passe os nomes de seus arquivos como argumentos (por exemplo, python whatever_name_you_save_it_as.py file_A file_B
) e ele imprimirá a saída desejada.