Em suma, não . Propriedade de arquivo e permissões de acesso são um tipo de controle de acesso. Criptografia e controle de acesso são conceitos ortogonais (aqui significando "independentes"). Ambos são métodos para implementar / impor autorização .
significa que apenas os agentes que possuem a chave de decodificação podem obter acesso ao "texto simples" descriptografado de um arquivo ou objeto de dados. Esse acesso pode ser (temporariamente) estendido para outros agentes, e. g. usuários do mesmo sistema que contém a chave de decodificação na memória.
significa que uma autoridade, e. g. um sistema operacional em execução em um computador decide quem recebe o tipo de acesso a qual recurso (que pode ser um arquivo, objeto de dados ou qualquer outra coisa).
Por que eles são independentes?
Um sistema operacional pode saber como descriptografar um objeto de dados criptografados para obter acesso a seu texto sem formatação, mas isso não significa que ele estenda esse acesso a todos os seus usuários. Ele geralmente usará bancos de dados de controle de acesso para decidir a quem ampliar o acesso (se houver).
Por outro lado, um usuário pode ter acesso a um conjunto de dados criptografado, mas, sem uma chave de decodificação válida, não pode fazer sentido, i. e. não pode acessar seu texto sem formatação. (Isso não é atualmente possível com nenhum dos sistemas de arquivos e ferramentas de sistema de arquivos fornecidos com o Ubuntu, mas esses recursos estão em desenvolvimento para o Ubuntu pronto para uso na forma de novos recursos ext4 e já disponíveis em outros sistemas de arquivos, por exemplo ZFS e NTFS, embora não necessariamente no Linux.)